Vnitr Lek 2012, 58(Suppl 2):84-89

Využití "label-free" proteinových čipů pro proteomiku onkohematologických onemocnění

K. Pimková1,2, J. Suttnar1, M. Bocková2, J. Homola2, J. E. Dyr1,*
1 Oddělení biochemie Ústavu hematologie a krevní transfuze Praha, vedoucí oddělení biochemie prof. Ing. Jan E. Dyr, DrSc.
2 Oddělení optických senzorů Ústavu fotoniky a elektroniky Praha, vedoucí oddělení optických senzorů doc. Ing. Jiří Homola, DrSc.

Přestože děláme velké pokroky v objasňování molekulární podstaty mnohých onemocnění, stále je zde mnoho nezodpovězených otázek týkajících se patogeneze nádorových onemocnění, případně vývoje efektivních metod pro včasnou diagnostiku a léčbu. Současný zájem o proteomiku vzrůstá částečně i proto, že proteomika nabízí metody, které dokážou překonat nedostatky jiných metod, a zároveň nabízí možnost sledovat procesy, které vedou k patologickým změnám v organizmu v průběhu onemocnění. Tato práce přináší přehled o vývoji a významu proteomiky pro studium onkohematologických onemocnění. Dále pak uvádí přehled nejnovějších metod používaných v proteomice, zabývá se problémy souvisejícími s používáním komplexního biologického materiálu, popisuje využití proteomiky na Ústavu hematologie a krevní transfuze v charakterizaci myelodysplastického syndromu (MDS) a chronické myeloidní leukemie. Na závěr uvádíme naše zkušenosti s vývojem proteinového čipu s on-line detekcí optickou metodou rezonance povrchového plazmonu pro studium patogeneze MDS onemocnění.

Klíčová slova: proteomika; myelodysplastický syndrom; onkohematologická onemocnění; rezonance povrchového plazmonu

Use of label-free protein chips for proteomics of oncohematological diseases

Despite great advances in our understanding of the molecular basis of many diseases, there are still substantial gaps in our understanding of oncohematological diseases as well as in the development of effective strategies for early diagnosis and for treatment. The current interest in proteomics is growing partly due to the prospects that proteomic methods offer and hopefully overcome limitations of other approaches. At the Institute of Hematology and Blood Transfusion the proteomics of oncohematological diseases, especially myelodysplastic syndrome and chronic myeloid leukaemia, has been studied. This work gives an overview of development and importance of proteomics for studying the oncohematological diseases. Furthermore, it introduces several new methods applied in proteomics, deals with problems attached to working with complex biological samples, and at the end describes our latest development of a protein chip with on-line detection using an optical method - the surface plasmon resonance - for characterizing MDS pathogenesis.

Keywords: proteomics; myelodysplastic syndromes; oncohematological diseases; surface plasmon resonance

Vloženo: 12. květen 2012; Zveřejněno: 1. duben 2012  Zobrazit citaci

ACS AIP APA ASA Harvard Chicago Chicago Notes IEEE ISO690 MLA NLM Turabian Vancouver
Pimková K, Suttnar J, Bocková M, Homola J, Dyr JE. Využití "label-free" proteinových čipů pro proteomiku onkohematologických onemocnění. Vnitr Lek. 2012;58(Supplementum 2):84-89.
Sdílet...
Stáhnout citaci
  • BibTeX (.bib)
  • Bookends (.ris)
  • EasyBib (.ris)
  • EndNote (.enw)
  • EndNote 8 (.xml)
  • ISI WoS (.isi)
  • Medlars (.medlars)
  • Mendeley (.ris)
  • MODS (.xml)
  • Papers (.ris)
  • RefWorks (.txt)
  • RefManager (.ris)
  • RIS (.ris)
  • MS Word (.xml)
  • Zotero (.ris)
    • Zobrazit celý článek

    Reference

    1. McKusick VA. Genomics: structural and functional studies of genomes. Genomics 1997; 45: 244-249. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    2. Wilkins MR, Pasquali C, Appel RD et al. From proteins to proteomes: large scale protein identification by two-dimensional electrophoresis and amino acid analysis. Biotechnology (NY) 1996; 14: 61-65. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    3. Riedel T, Suttnar J, Brynda E et al. Fibrinopeptides A and B release in the process of surface fibrin formation. Blood 2011; 117: 1700-1706. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    4. Majek P, Reicheltova Z, Stikarova J et al. Proteome changes in platelets activated by arachidonic acid, collagen, and thrombin. Proteome Sci 2010; 8: 56. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    5. Sobotkova A, Masova-Chrastinova L, Suttnar J et al. Antioxidants change platelet responses to various stimulating events. Free Radic Biol Med 2009; 47: 1707-1714. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    6. Maly MA, Majek P, Reicheltova Z et al. Proteomic analysis of plasma samples from acute coronary syndrome patients - The pilot study. Int J Cardiol 2012; 157: 126-128. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    7. Majek P, Reicheltova Z, Suttnar J et al. Plasma proteome changes in cardiovascular disease patients: novel isoforms of apolipoprotein A1. J Transl Med 2011; 9: 84. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    8. Micallef J, Dharsee M, Chen J et al. Applying mass spectrometry based proteomic technology to advance the understanding of multiple myeloma. J Hematol Oncol 2012; 3: 13. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    9. Majek P, Reicheltova Z, Suttnar J et al. Plasma proteome changes associated with refractory cytopenia with multilineage dysplasia. Proteome Sci 2011; 9: 64. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    10. Merkerova MD, Bystricka D, Belickova M et al. From cryptic chromosomal lesions to pathologically relevant genes: integration of SNP-array with gene expression profiling in myelodysplastic syndrome with normal karyotype. Genes Chromosomes Cancer 2012; 51: 419-428. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    11. Votavova H, Grmanova M, Dostalova Merkerova M et al. Differential expression of microRNAs in CD34+ cells of 5q- syndrome. J Hematol Oncol 2011; 4: 1. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    12. Lopotova T, Nadvornikova S, Zackova M et al. N-terminally truncated WT1 variant (sWT1) is expressed at very low levels in acute myeloid leukemia and advanced phases of chronic myeloid leukemia. Leuk Res 2012; 36: e81-e83. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    13. Machova Polakova K, Lopotova T, Klamova H et al. Expression patterns of microRNAs associated with CML phases and their disease related targets. Mol Cancer 2011; 10: 41. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    14. Gorg A, Postel W, Gunther S. The current state of two-dimensional electrophoresis with immobilized pH gradients. Electrophoresis 1988; 9: 531-546. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    15. Fenn JB, Mann M, Meng CK et al. Electrospray ionization for mass spectrometry of large biomolecules. Science 1989; 246: 64-71. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    16. Karas M, Hillenkamp F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 daltons. Anal Chem 1988; 60: 2299-2301. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    17. MacBeath G, Schreiber SL. Printing proteins as microarrays for high-throughput function determination. Science 2000; 289: 1760-1763. Přejít k původnímu zdroji...
    18. Ray S, Mehta G, Srivastava S. Label-free detection techniques for protein microarrays: prospects, merits and challenges. Proteomics 2010; 10: 731-748. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    19. Jiang SY, Cao ZQ. Ultralow-Fouling, Functionalizable, and Hydrolyzable Zwitterionic Materials and Their Derivatives for Biological Applications. Adv Mater 2010; 22: 920-932. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    20. Krishnan S, Weinman CJ, Ober CK. Advances in polymers for anti-biofouling surfaces. J Mater Chem 2008; 18: 3405-3413. Přejít k původnímu zdroji...
    21. Hucknall A, Rangarajan S, Chilkoti A. In Pursuit of Zero: Polymer Brushes that Resist the Adsorption of Proteins. Adv Mater 2009; 21: 2441-2446. Přejít k původnímu zdroji...
    22. Ahmed N, Barker G, Oliva K et al. An approach to remove albumin for the proteomic analysis of low abundance biomarkers in human serum. Proteomics 2003; 3: 1980-1987. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    23. Lei T, He QY, Wang YL et al. Heparin chromatography to deplete high-abundance proteins for serum proteomics. Clin Chim Acta 2008; 388: 173-178. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    24. Pieper R, Su Q, Gatlin CL et al. Multi-component immunoaffinity subtraction chromatography: An innovative step towards a comprehensive survey of the human plasma proteome. Proteomics 2003; 3: 422-432. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    25. Martosella J, Zolotarjova N, Liu HB et al. Reversed-phase high-performance liquid chromatographic prefractionation of immunodepleted human serum proteins to enhance mass spectrometry identification of lower-abundant proteins. J Proteome Res 2005; 4: 1522-1537. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    26. Righetti PG, Boschetti E. The Proteominer and the Fortyniners: Searching for Gold Nuggets in the Proteomic Arena. Mass Spectrom Rev 2008; 27: 596-608. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    27. Piliarik M, Bockova M, Homola J. Surface plasmon resonance biosensor for parallelized detection of protein biomarkers in diluted blood plasma. Biosens Bioelectron 2010; 26: 1656-1661. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...
    28. Pimkova K, Bockova M, Hegnerova K et al. Surface plasmon resonance biosensor for the detection of VEGFR-1 - a protein marker of myelodysplastic syndromes. Anal Bioanal Chem 2012; 402: 381-387. Přejít k původnímu zdroji... Přejít na PubMed...

    Zpět na obsah


    Vnitřní lékařství

    Vážená paní, pane,
    upozorňujeme Vás, že webové stránky, na které hodláte vstoupit, nejsou určeny široké veřejnosti, neboť obsahují odborné informace o léčivých přípravcích, včetně reklamních sdělení, vztahující se k léčivým přípravkům. Tyto informace a sdělení jsou určena výhradně odborníkům dle §2a zákona č.40/1995 Sb., tedy osobám oprávněným léčivé přípravky předepisovat nebo vydávat (dále jen odborník).
    Vezměte v potaz, že nejste-li odborník, vystavujete se riziku ohrožení svého zdraví, popřípadě i zdraví dalších osob, pokud byste získané informace nesprávně pochopil(a) či interpretoval(a), a to zejména reklamní sdělení, která mohou být součástí těchto stránek, či je využil(a) pro stanovení vlastní diagnózy nebo léčebného postupu, ať už ve vztahu k sobě osobně nebo ve vztahu k dalším osobám.

    Prohlašuji:

    1. že jsem se s výše uvedeným poučením seznámil(a),
    2. že jsem odborníkem ve smyslu zákona č.40/1995 Sb. o regulaci reklamy v platném znění a jsem si vědom(a) rizik, kterým by se jiná osoba než odborník vstupem na tyto stránky vystavovala.

    Ne
    Ano

    Pokud vaše prohlášení není pravdivé, upozorňujeme Vás,
    že se vystavujete riziku ohrožení svého zdraví, popřípadě i zdraví dalších osob.